در جریان حمله مغولان به بخارا در سال ۱۲۲۰ میلادی، یکی از سیاه ترین فصول تاریخ این شهر رقم خورد و مسجد جامع بخارا به صحنه‌ا‌ی از خشونت بی‌سابقه بدل شد. گفته می‌شود مغولان پس از تصرف شهر، بسیاری از مردم را در مسجد جامع گرد هم آوردند. آن‌ها بر فراز سکویی در میانه صحن مسجد، آن‌قدر شهروندان بی‌گناه بخارا را گردن زدند که حیاط مقدس این مسجد با خون آن‌ها فرش شد. این حمله نه تنها یک تراژدی انسانی بود، بلکه شکستی سنگین بر پیکره معماری و میراث فرهنگی بخارا وارد کرد.
چنگیزخان، پس از این حمله در مسجد جامع بخارا سخنرانی معروف خود را ایراد کرد؛ او بر بالای سکو رفت و خطاب به بازماندگان اعلام کرد که وی «تازیانه خدا» است و بر‌ای مجازات مردم فرستاده شده. این سخنرانی که بیانگر رویکرد بی‌رحمانه مغولان بود، سر‌آغازی بر دوره‌ای طولانی از نابودی فرهنگی و اقتصادی بخارا شد. چنگیزخان از منار‌ه‌ها و بناهای باشکوه بخارا به عنوان نشانی از قدرت خویش استفاده کرد و آن‌ها را به آتش کشید.
مسجد جامع بخارا، که پیش از این نمادی از علم و دیانت در جهان اسلام بود، به خرابه‌ای تبدیل شد. این مسجد شاهد یکی از شدیدترین حملات در تاریخ معماری اسلامی بود و بر‌ای سال‌ها پس از این واقعه، آثار حمله مغولان بر پیکره آن باقی ماند. بسیاری از بناهای اطراف نیز یا تخریب شدند یا به شدت آسیب دیدند، و شهر بخارا که تا آن زمان یکی از مراکز علمی و فرهنگی جهان اسلام محسوب می‌شد، به محلی سوخته و ویران مبدل شد.
امروز، در حالی که مسجد جامع بخارا به تدریج در دست بازساز‌ی و احیا است، خاط‌ره‌ی آن روز‌های تلخ همچنان در دل دیوارهای آن نهفته است. هنگام بازدید ما، شبستان و رواق‌های مسجد درحال مرمت بودند و ازپشت دیوارهای موقت، صدای موسیقی کارگران به گوش می‌رسید: «نوایی، نوایی» با صدای سیما بینا. این آهنگ نه تنها نوایی از زمان‌های گذشته بود، بلکه به شیوه‌ای نمادین از مقاومت این بنای تاریخی در برابر ویرانی‌های زمان و تاریخ سخن می‌گفت.
